Con l’inizio degli anni ’90 era peraltro iniziato in San Fedele, anche grazie all’arrivo come parroco di Padre Giovanni Ballis, un periodo ricco di progetti e proposte. Nacque il Centro giovani coppie, attivo sui problemi della relazione di coppia e organizzatore di cicli di conferenze a tema; ebbero inizio i Lunedì della parola, momenti di lettura del Vangelo da parte dei padri Filippo Clerici e Silvano Fausti di Villapizzone, che radunano ancora, ogni lunedì sera da ottobre a maggio, una comunità di più di trecento persone. La sempre maggior collaborazione con i laici e l’arrivo di alcuni giovani padri apportò un ulteriore contributo sia al lavoro di redazione nelle riviste, sia alle iniziative del San Fedele: furono proposti gli Incontri a due voci, dialogo sia tra ebrei e cristiani su un libro dell’Antico Testamento sia tra cattolici e protestanti su testi del Vangelo, e i Cammini di liberazione, serie di appuntamenti quaresimali con personaggi di spicco della cultura contemporanea. Venne potenziata l’attività della Sesta Opera, associazione di volontariato per l’assistenza ai carcerati, e nacque la rivista Dignitas.

Ulteriore passo sulla strada di una azione sempre più unitaria delle diverse opere del San Fedele è stato la costituzione della Fondazione Culturale San Fedele.